Do aresztowania Stanisława Sojczyńskiego doszło 27 czerwca 1946 r. w Częstochowie. Bezpiece pomógł w tym Henryk Brzóska, który zdradził organizację i rozpoczął współpracę z UBP jako OZI „Żbik”. On to wskazał dom przy ul. Wręczyckiej 11 w Częstochowie, w którym zakonspirował się „Warszyc”. Wraz z dowódcą ludzie Moczara pojmali też jego sekretarkę Halinę Pikulską „Ewunię”.
Następnego dnia UBP zatrzymało adiutanta „Warszyca””, por. Ksawerego Błasiaka „Alberta”, potem szefa wywiadu KWP, Stanisława Żelanowskiego „Nałęcza”. Dzięki przejętym archiwom KWP funkcjonariusze UBP zdołali dotrzeć do komendantów obwodów w Łodzi, Częstochowie, Łasku, Sieradzu i rozbić w dużym stopniu całą organizację”. Niedobitki organizacji rozpracował w ciągu kolejnych kilku tygodni Zygmunt Lercel, któremu UB przygotowało dokumenty przedstawiające go jako następcę Sojczyńskiego.
Stanisław Sojczyński wraz z podkomendnymi sądzony był w procesie dowództwa KWP w dniach 9 grudnia – 17 grudnia 1946 r. przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Łodzi. Przewodniczył sędzia płk Bronisław Ochnio, oskarżali prokuratorzy mjr Czesław Łapiński i mjr Kazimierz Graff. Zapadł wyrok śmierci na dowódcę i jego ośmiu najbliższych żołnierzy KWP.
Kpt. S. Sojczyńskiego i jego 5 podwładnych stracono 19 lutego 1947 r. w Łodzi, na 3 dni przed ogłoszeniem amnestii. Nie wiadomo, gdzie został pochowany.
GAW